Au fur et à mesure que les personnages gagnent des niveaux, ils bénéficient d'une augmentation passive de leurs statistiques pour les caractéristiques qui aident ce personnage particulier et gagnent des points de puissance, permettant au joueur de définir davantage les capacités de ce personnage. Chaque personnage dispose de trois arbres de compétences sur lesquels il peut dépenser des points. Chacun des arbres se concentre généralement sur un mécanisme ou un style de jeu particulier, comme les boucliers d'Iron Man, les flèches astucieuses de Hawkeye ou les armes à feu de Deadpool. Au fur et à mesure que le personnage gagne des niveaux, le joueur a accès à plus de compétences sur lesquelles dépenser des points et peut mettre plus de points dans les compétences existantes. Chaque compétence a un plafond de niveau, de sorte que plus de points ne peuvent pas être investis dans une compétence tant qu'un certain niveau n'est pas atteint.
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